Der Strohzyklon funktioniert wie jeder andere Zyklon. Das Material kommt im oberen Teil in den Zyklon, die Geschwindigkeit des Materiales drückt das Strohgut gegen die Innenseite und die Schwerkraft lässt das Material seitlich nach unten sinken/entschleunigen, während die Luft durch das zylindrische Mittelrohr austreten kann.
Das Design unterscheidet sich von normalen Zyklonen indem der Strohzyklon einen sowohl größeren Durchmesser als auch größeren Zyklonboden aufweist um die Gefahr von Brückenbildungen des sperrigen und leichten Strohgutes vorzubeugen.
In der Mitte des Zyklones befindet sich ein Zylinderrohr aus Siebstahl mit einer Lochung von 3mm, das die Luft ohne Strohpartikel rausleiten soll. Dazu ist am Boden des Zylinderrohres eine einstellbare Siebplatte montiert die das Ansaugen des Strohgutes in den nachgelagerten Filter verhindern soll.
Nur staubiges und leichtes Material  kann mit der Luft austreten. Strohzyklone können mit einem Durchmesser  von Ø700 bis Ø2400 mm für Luftströmungskapazitäten von 3.000-40.000 m3 /h geliefert werden.