Halmcyklonen fungerer som enhver anden cyklon, hvor materialet kommer ind øverst i en tangent, hvor materialets hastighed presser det mod siden, og tyngdekraften fører materialet ned ad siden, mens luften kan komme ud gennem det midterste rør.
Designet adskiller sig fra normale cykloner, da cyklonen er konstrueret til at håndtere voluminøst materiale med lav massefylde, såsom halm. Den har en større diameter og en større bund for at forhindre brodannelse af materiale inde i cyklonen.
I midten af cyklonen er der anbragt et luftrør af skærmstål med Ø3 mm huller, hvorved luften kan udledes uden at halmen tages ud, og hvorved lufthastigheden i cyklonen kan reduceres hurtigere. I bunden af det midterste rør er der placeret en justerbar skærmplade, som holder halm tilbage fra at blive suget ud i filteret, så kun støv og let materiale kommer ud sammen med luften. Cykloner kan leveres med diametre fra Ø700 til Ø2400 til luftmængder fra 3.000 – 40.000 m3.